Möhlin ist eine Einwohnergemeinde im Bezirk Rheinfelden des Schweizer Kantons Aargau. Sie liegt im Westen der Region Fricktal am Hochrhein und grenzt an Deutschland sowie an den Kanton Basel-Landschaft. Die mit fast 19 km² flächenmässig drittgrösste Gemeinde des Kantons gehört zur Agglomeration der Stadt Basel.
Die Gemeinde liegt 19 km östlich von Basel in einer fruchtbaren Lössebene am Ausgang des Möhlintals. Sie besteht aus den Ortsteilen Obermöhlin, Untermöhlin und Riburg. Diese Ortsteile sind vollständig zusammengewachsen und erstrecken sich auf einer Länge von dreieinhalb Kilometern dem Möhlinbach entlang. Dem Ufer des Rheins entlang erstrecken sich ausgedehnte Wälder. Dort befand sich einst eine Siedlung mit dem Namen Rappertshäusern, die im 17. Jahrhundert aufgegeben wurde und heute überwachsen ist.
Der grösste Teil des Gemeindegebiets besteht aus dem Möhliner Feld. Dabei handelt es sich um eine mächtige Endmoräne, die während der Riss-Eiszeit vor rund 140’000 Jahren entstand und den nordwestlichsten Punkt der alpinen Vergletscherung bildete. Bedingt durch die Erosion entstand eine erhöht liegende ausgedehnte Ebene, die bei Obermöhlin vom Möhlintal durchschnitten wird und an den Rändern bis zu 50 Meter abfällt. Das Möhliner Feld gilt als «Kornkammer» des Fricktals. Ganz im Süden geht es in den Sonnenberg (636 m ü. M.) über, einen Ausläufer des Tafeljuras. Über seinen Gipfel und direkt am Aussichtsturm vorbei verläuft der Fricktaler Höhenweg, eine rund 60 km lange Wanderroute.
In Möhlin gibt es mehrere Naturschutzgebiete von kantonaler Bedeutung. Im Nordosten des Gemeindegebietes inmitten des grossen Möhliner Forstes liegt der Breitsee, ein Torfmoor. Während der letzten Eiszeit entstand an diesem Ort eine Mulde, in der sich während Jahrtausenden Verwitterungsstaub ablagerte. Dadurch bildete sich eine meterdicke wasserundurchlässige Schicht. In der Zeit von 3000 bis 1000 v. Chr. begann die Torfbildung. Wegen der Torfschicht erscheint das Wasser des Breitsees ungewohnt dunkel. Der Breitsee wird von einem Bruchwald mit Birken und Schwarzerlen umgeben. Im Gebiet Breitsee wachsen über 140 Pflanzenarten. Häufig zu beobachtende Tierarten sind u. a. Zwergtaucher, Teichhuhn, Reiherente, Baumfalke oder Schwarzspecht. Im Frühjahr und Herbst wird der Breitsee gerne von Zugvögeln als Rastplatz genutzt. Im Norden von Möhlin befindet sich unmittelbar am Rhein das Naturschutzgebiet Haumättli. Dieses Auengebiet von nationaler Bedeutung liegt im Staubereich des Kraftwerks Ryburg-Schwörstadt. Im unteren Uferbereich wachsen vor allem Schilf und Röhricht, etwas höher gelegen Erlen und Weiden.
Es ist heute kaum mehr aus dem Ortsbild von Möhlin wegzudenken. In der Storchenstation im Ortsteil Riburg gibt es rund ein Dutzend Horste, auf welche die Storchenpaare alljährlich zurückkehren und dort ihre Brut aufziehen.